渔农自然护理署（渔护署）的主要职责包括：

• 促进渔农生产及改善生产力；
• 管理政府新鲜副食品批发市场；
• 保护动植物及自然生境；
• 管理郊野公园、地质公园、特别地区、海岸公园及海岸保护区；
• 保护濒危物种；
• 保障动物福利；以及
• 控制动植物疾病。

本署除了由署长及副署长负责整体行政管理外，并设立下列五个功能分署，执行不同的工作：

• 农业分署；
• 渔业分署；
• 检验及检疫分署；
• 自然护理分署；以及
• 郊野公园及海岸公园分署。

以下章节详细阐述各分署的工作。