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本署亦負責管理海岸公園及海岸保護區，以作保育、康樂、教育和科學研究用途。現時，香港共有四個海岸公園及一個海岸保護區，總面積為2 430公頃，其中包括沿岸和海上的景點，多種重要海洋動植物的棲息地，也是潛水、浮潛、劃獨木舟和海底攝影的好去處。二零零五至零六年度錄得的游客數目約為215 000人次。
山火
二零零五年內，郊野公園及鄰近地方共發生44宗山火，燒毀16 400棵樹，144公頃土地受損。與前兩年相比，山火的次數輕微下降，造成的損害也較少。本署會於來年在合適的地點種植樹苗，以修復受山火損毀的地方。
植樹
本署於二零零五至零六年度在郊野公園內種植超過855 000棵樹苗，較二零零四至零五年度的735 000棵增加約16%。這是因為二零零四年的種植期提早開始，很多在該年三月種植的樹苗被計算入前一年度的數字，令二零零四至零五年度的數字較往年為低。本署更廣植本地樹種，主要包括黧蒴錐、樟樹、大頭茶、楓香、短花潤楠及木荷等，本地種佔樹苗總數的比率約為56%。
為了豐富本地的植物物種，本署不斷培育不同的本地種樹苗，以供在郊野公園內種植。這些樹苗包括一些不常見的植物，例如紅皮糙果茶、大苞山茶、油茶、黃果厚殼桂和竹葉青岡，以及市面苗圃未有供應的樹種，例如華潤楠和紅楠等。
郊野公園基線調查
在二零零五至零六年期間，本署繼續進行生態基線調查。調查結果包括：在西貢東郊野公園鹹田重新發現了本地稀有的海草——川蔓藻；在船灣郊野公園鎖羅盤錄得香港首次發現的蝙蝠物種——褐扁顱蝠，這種蝙蝠善於鑽進竹莖的空心節腔裏棲居；另外在西貢土瓜坪找到新的海草——小喜鹽草，這種海草其後又在西貢蠔湧、斬竹灣及東北區小灘發現。這些調查結果反映出本地自然生境的多元性及重要性。
新設施
 中草藥園
為了加強中草藥方面的教育，漁護署展開了西貢蕉坑獅子會自然教育中心「中草藥園」的擴建工程，在原地興建的展館面積約400平方米，館內的中草藥品種根據其藥用價值分類展示。除此之外，藥園附近另辟三個天然區域，以配合生境要求各有不同的中草藥。「中草藥園」總面積共1 300平方米，擴建後的中草藥品種由原本的300種增加至約550種。藥園已於二零零五年十一月重新開放予公眾人士參觀。
生態強化地點
本署努力提高郊野公園動植物的多樣性，例如在外來種的植林區種植本地種樹苗，使植林區的物種更加多樣化，並提高其生態價值。本署亦有建造人工濕地，以吸引水生動物，並嘗試在其中繁殖稀有的淡水魚，成果令人鼓舞。
本署會開放其中一些生態強化地點，並增設解說牌，以提供當地出現的野生動植物資料，讓公眾能欣賞本土豐富的動植物。這些地點包括在城門郊野公園的蝴蝶園，以及在大潭和八仙嶺郊野公園的兩個人工濕地。本署現時正在建造更多這類地點，以便來年開放。
海岸公園的管理工作
 由於海岸公園深受市民歡迎，這對生態環境和村民造成一定壓力。為解決有關問題，本署采取了多項措施，包括加派人手巡邏、招募義工向游客講解游覽時須遵守的事項、安排教育導遊活動，以及印發教育宣傳資料等。此外，為防止非法活動，署方亦在海岸公園進行執法行動。
二零零四年三月，漁護署發現在海下灣海岸公園的部分珊瑚遭受移動物體破壞，而該物體很可能是大型船只。本署隨即於二零零四年六月在該海岸公園設立船內引擎船只禁區，禁止大型的船內引擎船只進入淺水的珊瑚區，從此公園內已沒有大規模的珊瑚遭受破壞。同時本署進行監測及覆原珊瑚的工作，成績令人滿意。
自然護理教育
 國際自然保護聯盟／世界保護區委員會第五屆東亞會議
該會議在二零零五年六月假香港中文大學舉行，本署聯同香港大學、香港中文大學及郊野公園之友會籌辦，主題是「為了下一代——可持續管理自然保護區」，共有11個國家及地區的254位代表參加。參加者在會上作出四項主題演講，進行106次演講報告及27次海報介紹。是次會議有助推動東亞地區設立和管理自然保護區，其中包括中國、中華台北、日本、蒙古、北韓人民民主主義共和國、大韓民國、香港特區及澳門特區。此外，會議亦提供了一個讓與會代表就保護區的管理及保育事宜互相學習、交流經驗的場合。
推廣遠足安全
本署出版的《樂行手記》、《香港行山通》1及2等書籍，全面介紹香港郊野公園內四大長途遠足徑及100條遠足路線，深受市民歡迎。本署更將郊野公園遠足路線及遠足安全資訊集中於遠足資訊網 (www.hkwalkers.net)發放，並印制登山路線圖，免費派予市民，提供前往各郊野公園的交通資訊。本署透過在北潭湧增設遠足研習徑，與各區議會合作印制《行山18式》及《遠足手冊》，另與警方、民安隊、中國香港旅行遠足聯會及童軍總會舉辦遠足活動及安全講座等，推廣遠足安全。
優化自然導賞活動
為提升自然導賞活動領隊及導賞員的技巧和質素，本署自二零零五年開始與技能提升計劃(旅遊行業小組)合作制訂「自然導賞基礎課程」，為本地導遊提供自然導賞訓練，提升組織導賞活動從業員的質素；另外亦印制《自然導賞約章》，供市民取閱，增進他們對大自然的認識和對自然導賞活動的鑒賞力。
 遠足活動
遠足是郊野公園游客最喜愛的活動之一，為了向社會各界推廣這項有益健康的戶外活動，署方在二零零五年十二月至翌年一月期間，分別在西貢及大埔舉辦兩次大型的行山活動，共超過13 000人參與。
 教師工作坊及戶外考察
為推廣郊野作為自然教室，並對教師提供更全面的支援，本署舉辦了26次自然工作坊及戶外考察，與超過1 000名教師分享遠足安全、自然導賞技巧及自然生態知識。
海洋護理教育活動
本署亦為各界人士舉辦多項海洋護理教育活動，過去一年共舉辦了180次公眾生態旅遊、八次公開講座、五次海灘清潔活動、39次學校講座及53項展覽及18次其他類型的教育活動，共有逾150 000人參加。
執法工作
郊野公園護理員經常巡邏郊野公園及特別地區，以便為游客提供服務和執行《郊野公園條例》及其他相關法例。二零零五至零六年期間，本署共檢控1 130名違例人士，罰款總額為1,240,500元。詳細的統計數字載於附錄13。過去一年，共有624人因亂拋垃圾、隨地吐痰或讓狗只隨處便溺遭檢控，涉及非法管有受保護植物或傷害植物的有44人，而在郊區或郊野公園非法生火、用火或管有煮食器具的有12人。郊野公園護理員亦須經常執行特別任務，例如搜尋非法捕獸器、到鄰近郊野公園的鄉村進行防火村訪，以及協助警方搜尋郊野公園內失蹤人士等。此外，護理員亦經常與警方聯合行動，打擊在郊野公園內發生的罪案，例如行劫和非法砍伐羅漢松及土沉香等。
至於海岸方面，海岸公園護理員每天都會不定時巡邏海岸公園和海岸保護區，以防有人在其範圍內非法捕魚和進行其他違法活動。他們與水警和深圳的漁政當局保持密切聯絡，合力防止內地漁民在海岸公園非法捕魚，並向游人發出勸喻或警告，如有需要，更會作出檢控。過去一年，本署共檢控了80名違例人士，罰款總額為84,450元。
海洋保育
珊瑚礁普查
本署亦與珊瑚礁普查基金合作，統籌每年在香港進行的珊瑚礁普查。二零零五年度的珊瑚礁普查涵蓋33個珊瑚區，共有逾330名潛水人士參與。其中23個錄得頗高的珊瑚覆蓋率（即超過50%），而珊瑚的生長情況在所有地點都很穩定。本署已公佈珊瑚礁普查的結果，讓公眾更了解本港海洋環境的現況，共同保護寶貴的海洋資源。普查所得資料十分有用，讓本署得知珊瑚的情況，以在有需要時采取適當措施，保護香港海域內的珊瑚。
保護珊瑚
本署分別於甕缸灣、赤洲及橋咀洲設定特制的標志浮標，以便更有效地保護珊瑚，免其因船只下錨而受損。本署亦定期進行海上巡邏和海底生態調查，以監察設於上述地區珊瑚標志浮標的成效。調查結果令人鼓舞，在設有標志的區域，活珊瑚覆蓋率整體有所上昇，受損的珊瑚亦有覆原跡象。
本署委託顧問在全港進行的珊瑚研究已經完成，所核實的石珊瑚共84種，分屬12科28屬。為方便市民加深認識本港珊瑚的美麗形狀和眾多物種，本署在二零零四年四月集齊全港84種石珊瑚標本，建立了一套參考標本集。此外，本署亦設立了新網頁，向市民介紹本港珊瑚、其基本生態資料和外貌特徵等。為了把本地石珊瑚的多樣性和特徵記錄下來，本署於二零零五年七月印制了《香港石珊瑚圖鑒》，以精美的圖片和生動描述，扼要介紹本港所有84種石珊瑚的主要特色和保育情況。
保育海洋哺乳類動物
 本署自二零零零年起推行中華白海豚護理計劃，有關工作包括生境保護和管理、長期監察海豚的數目、調查海豚擱淺事件、提高市民保護海豚的意識，以及聯絡廣東當局，就中華白海豚的存護工作交換資訊。
「海豚面面觀」藝術創作比賽頒獎典禮於二零零六年一月假香港中央圖書館舉行，得獎作品在八個公眾場地展覽，並用於制作海豚月歷、記事簿及明信片，以宣傳觀豚守則及海豚擱淺熱線。在二零零六年，本署透過學校講座和公眾展覽派發超過45 000件有關海豚存護的宣傳品。
環境影響評估研究
本署負責就可能會影響海洋環境的發展工程建議及計劃提供意見，此外，亦須從海洋生態的角度，評論環境影響評估報告。過去一年，本署就多項發展計劃提供意見，當中包括建議中的大嶼山西北部港口發展、液化天然氣接收站及相關設施、物流園、港珠澳大橋、離岸風力發電場，擬建的深圳至大埔煤氣製造廠海底輸氣管道，以及新界的碼頭髮展工程項目等。
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