淡水沼澤位於公園正中央，佔地約10公頃，是公園內佔地面積最大的濕地，也是最主要的景觀之一。淡水沼澤內包含各式各樣的生境，吸引著各種不同鳥類，當中包括喜愛開闊水面的鴨和鷺鳥、活躍於淺水處的涉禽、習慣藏身於沼澤地、生性害羞的水鳥，以及棲息於小島的鴨和秧雞等。淡水沼澤除了是鳥類和魚類理想的覓食和棲息地外，還是水生無脊椎動物的繁殖地。
紅樹是一類生長在熱帶及亞熱帶岸邊的獨特植物。早在濕地公園落成之前，位處潮間帶河道的兩側已經遍佈紅樹。為了讓遊客能夠對紅樹林有更深入的了解，我們在河道的中間架設浮橋，浮橋橫越紅樹林，讓遊客可以近距離觀賞紅樹及棲息其中的動物。紅樹有與別不同的結構和機制，能適應潮間帶的惡劣生長環境，因此，紅樹林不單為彈塗魚和招潮蟹等野生動物供給食物，還成為許多生物理想的棲息和繁殖地。
潮間帶泥灘主要是指海洋和陸地交接，以泥土為基質的地方。公園內的泥灘佔地5公頃，模仿后海灣的潮間帶泥灘而建。泥灘主要用以吸引各類型的涉禽，特別是過境遷徙的水鳥和冬候鳥。跟其他海岸環境一樣，泥灘也會受到潮汐的影響，被潮水淹沒或外露，因此我們在泥灘旁設置水閘，控制潮水的進入和排出，從而控制泥灘內的水位高低。每當潮漲，后海灣的泥灘被潮水淹沒時，公園的泥灘還可以維持較低水位，讓各種水鳥在此覓食。
公園內的蘆葦床佔地1公頃，由磚塊、蠔殼和大片的蘆葦組成，主要用途是過濾從天水圍區收集的雨水，為公園內的淡水沼澤提供水源。此外，原野漫遊徑兩旁亦有蘆葦群落自然生長，形成大片的蘆葦沼澤。蘆葦沼澤不但是許多野生動物的覓食場所，其茂密的枝葉更為許多動物如鳥類等提供隱蔽的棲息和繁殖地。
早在公園落成前，公園範圍內已有數片植林區。通過悉心的規劃和管理，我們於原有的植林區內栽種更多本地植物品種，以增加植物的多樣性。現在林地已經漸趨成熟，並成為林鳥和哺乳類動物的家園。