自然护理
自然护理分署的工作
- 从多方面保育本港的动植物及自然生境，包括就发展建议、规划策略、环境影响评估等工作提供有关自然保育的专业意见；
- 订定和推行生物多样性保育计划，以及认定具特殊科学价值的地点等；
- 定期进行生态调查，更新纪录，并管理香港的生态资料库；
- 管制基因改造生物的环境释出及进出口；
- 监察米埔内后海湾国际重要湿地的生态，并发展及管理香港湿地公园；
- 保育濒危动植物；以及
- 透过宣传和教育活动，加强市民对自然保育的认识，以及鼓励他们参与自然保育活动。
自然环境
香港的地形及亚热带气候，为种类繁多的动植物提供各式各样的栖息地。本港虽是弹丸之地，但自然景致却多姿多采，海岸沙滩、嶙峋石岸、高耸山峰、茂密林地与绿茵山峦，互相映衬，构成独特的风景。
香港有维管植物逾3,300种（其中约2,100种属本地种）、陆上哺乳类动物55种、鸟类510种、淡水鱼类185种、爬行动物86种、两栖类动物24种；昆虫种类亦十分繁多，共录得约240种蝴蝶及117种蜻蜓。
加强自然保育
二零零四年十一月公布的「新自然保育政策」选定了12个地点，透过公私营合作及管理协议计划优先加强保育。有关计划由土地拥有人或非政府组织推行，本署负责监察。
截至二零一三年三月，共有4个管理协议计划分别在4个须优先加强保育的地点进行。当中两个计划自二零零五年起在塱原及凤园进行，受保育的私人土地合共逾16公顷；另外两个计划于二零一三年三月在拉姆萨尔湿地及该湿地以外之后海湾湿地进行，分别涵盖超过330及400公顷鱼塘，以持续管理内后海湾鱼塘的保育工作。塱原及凤园的雀鸟及蝴蝶数量和品种，以及鱼塘于放塘期间的水鸟数目均有所增加，显示管理协议计划有效提高这些地点的保育价值。计划除对丰富生物多样性有直接作用外，亦提高了公众、当地村民和渔民的自然保育意识。
生态调查及资料库
本署由二零零二年开始进行全港生态调查计划，旨在维持及更新全港的生态资料库。调查计划覆盖香港所有具高保育价值的主要生境，包括风水林的位置、状况及植物种类，以及重点动物群的分布及数量。截至二零一三年三月，本署收集、鉴定及于数据库内储存了约114,000个，逾4,000种动植物的纪录。
生态调查的结果确定香港有丰富的生物多样性，部份物种是香港甚至全球首次发现。结果更显示，受保护地区内的物种是香港生物多样性的重要组成部份。在调查及分析所覆盖的物种群中，有超过98%的本地常见陆上及淡水物种，均有具代表性的族群在香港受保护地区内栖息。
年内，本署继续利用载有具代表性物种及生境资讯的网上资料库「香港生物多样性网页」及「香港在线生态地图」，提高公众对本地生物多样性的兴趣及自然保育的意识。本署亦研发了一套以地理资讯系统运作的中央资料库，储存调查所得的数据及由其他途径取得的生态资料。
米埔内后海湾拉姆萨尔湿地
一九九五年，米埔及内后海湾约1,500公顷的湿地被正式列为拉姆萨尔湿地。米埔内后海湾拉姆萨尔湿地位处主要候鸟迁徙路线「东亚—澳大利西亚飞行路线」上，是超过150种迁徙及本地水鸟的重要中途补给站及栖息地。
本署由二零零一年八月起为拉姆萨尔湿地推行生态监察计划。这项长期计划旨在收集拉姆萨尔湿地的基线生态资料，监察范围包括湿地内的底栖动物群落及生境范围。
本署自一九九七年起委托香港观鸟会在后海湾进行每月水鸟普查。在二零一二年十月至二零一三年三月期间，后海湾录得的水鸟数目最高约为61,673只，当中包括13,169只鸭和鸊鷉、22,320只涉禽、7,955只鸥及燕鸥、10,569只鸬鹚、2,773只鹭鸟及163只秧鸡。
黑脸琵鹭
黑脸琵鹭是全球濒危鸟类之一，只分布于东亚地区。在二零一二至一三年冬季期间，全球种群调查共录得2,725只黑脸琵鹭。在二零一三年一月录得最多有351只黑脸琵鹭以内后海湾作为冬季栖息地或迁徙中转站，数量相等于全球总数约13%，亦是全球第三大的越冬种群。
本署自二零零一年起实施黑脸琵鹭保育计划，以保持米埔内后海湾拉姆萨尔湿地的良好环境，为黑脸琵鹭提供过冬的地方。计划亦就物种及栖息地的保护和管理、监察、研究、教育、培训和区域合作等措施提供建议。
海龟
绿海龟是唯一经常在香港产卵的海龟。本署为海龟采取了一系列的保育措施，包括在绿海龟产卵季节（每年六月至十月）把南丫岛深湾列为限制地区、执法巡逻及公众教育等。在二零一二年夏季，本署录得一只绿海龟在南丫岛深湾产下5窝卵，合共超过550颗。这只母龟曾于二零零三及二零零八年到深湾产卵，及后回游至越南的觅食地。同年，两只由市民交予本署的玳瑁，在香港海洋公园接受治疗后于六月放流。玳瑁是全球极度濒危的物种，在本港水域较稀有。本署于放流前为海龟装上卫星追踪仪，以加深了解它们迁游到南中国海觅食地的
路线。卫星追踪研究显示，由本署放流的海龟 (包括绿海龟及玳瑁)到达万山群岛、东沙群岛、福建东港、菲律宾北部及西沙群岛的觅食地。
管制濒危物种贸易的措施
香港法例第586章《保护濒危动植物物种条例》是本港履行《濒危野生动植物种国际贸易公约》（《公约》）规定的法例，严格监管涉及濒危物种的贸易。
年内，本署继续致力打击濒危物种的非法贸易；涉及濒危物种非法贸易的扣押个案共有409宗，其中包括5件来自莫桑比克的犀牛角、1,927公斤来自坦桑尼亚的象牙及来自泰国的2,400条活生滑鼠蛇和200条活生眼镜蛇。
香港在执法方面的成绩在国际上获肯定。本署在二零零三年和二零一二年两度获《公约》秘书长颁发嘉许状，以表扬香港在打击濒危物种非法贸易方面取得的卓越成绩。
本署继续推动保护濒危物种的教育及宣传工作，并举办了一系列活动，以提高市民对保护濒危物种的认识。活动包括安排公众参观本署的濒危物种资源中心、到学校演讲、举办展览、派发海报及单张，以及在机场和口岸管制站展示相关资讯。此外，本署举办的「保护濒危物种护照封套设计比赛」共收到逾1,700份作品，反应踊跃。
有关濒危物种贸易管制的统计数字载于附录12。
管制基因改造生物
香港法例第607章《基因改造生物（管制释出）条例》（《条例》）规管基因改造生物的环境释出及其出入口。根据《条例》，向环境释出或输入拟向环境释出的基因改造生物，须事先获得渔农自然护理署署长的批准。此外，载有基因改造生物的货运批次，在输入或输出时须附同订明文件，以方便辨识基因改造生物，以及提供联络点以便取得进一步资料。详细的文件要求在《条例》的附属法例《基因改造生物（进出口须备的文件）规例》列出。
根据《条例》制定的《基因改造生物（管制释出）（豁免）公告》（《公告》）于二零一二年六月二十三日生效，以豁免基因改造木瓜及动物用疫苗所包含的任何基因改造生物（即动物用基因重组活疫苗）。《公告》豁免各个品种的基因改造木瓜及动物用基因重组活疫苗，使它们不受《条例》第5条的规限。该条例规定任何人不得明知而致使向环境释出基因改造生物，或育养处于向环境释出的状态的基因改造生物。《公告》亦豁免两个已作商业生产的基因改造木瓜品种（即独特标识编码为CUH-CP551-8的基因改造木瓜及转基因事件编码为华农1号的基因改造木瓜）及动物用基因重组活疫苗，使它们不受《条例》第7条的规限（关于任何人不得明知而输入拟向环境释出的基因改造生物）。
本署推行一系列宣传及教育活动，以促进公众对《条例》的认识及了解。活动包括向市民及持份者派发宣传小册子、在机场播放短片、在港铁站展示海报、举办巡回展览及更新基因改造生物纪录册。本署亦透过通函向相关持份者提供《条例》的最新消息及资讯。
香港湿地公园
香港湿地公园于二零零六年五月正式开幕，是推广香港生态旅游的重要设施，亦是香港湿地保育及公众教育重要里程碑。湿地公园结合了60公顷的自然户外景观，以及总楼面面积逾一万平方米，包括多个湿地展览的访客中心。年内，公园录得约49万名的入场人次。
本署负责湿地公园的管理工作，包括日常营运、教育及社区服务、展品维修、生境管理及市场推广等范畴。
在二零一二至一三年度，湿地公园为约190,000名访客举办各类适合一家大小的活动，包括导赏团、讲座及研讨会、野生动物观察班、比赛、话剧、艺术工作坊及专题活动等。
湿地公园提供学校导览活动予幼稚园至高中的学生。在二零一二至一三年度，湿地公园为超过19,500名学生提供逾820次导赏活动。此外，为支援学校的湿地教育工作，公园亦举办展览、讲座、教师工作坊及学校伙伴计划。年内，公园举办了近20次教师工作坊，让教师认识如何在公园进行教学活动。
对于一般访客，公园于年内举办了13次公众讲座，吸引近900名访客参加。公园亦举办多项配合公众假期及主要节日的主题活动，包括观鸟节、绽放湿地、弹跳湿地及世界湿地日庆祝活动。
湿地公园继续与各界合作，将湿地保育的信息推广至社区。香港湿地公园义工计划在二零一二至一三年度招募了约1,300名义工。义工除协助访客中心的运作及提供导赏服务外，亦参与户外生境的管理工作。公园亦与企业及非政府组织建立合作关系，集合社会各界的力量和资源，推广湿地保育。
香港湿地公园在推动亚太地区湿地保育和教育方面担当重要角色。作为亚洲国际湿地网络的重要成员，香港湿地公园与亚太地区的湿地中心举办学生交流活动。
渔护署自二零零三年开始管理湿地保护区，目的是提升其生态功能。自此，本署在区内录得的雀鸟种类不断上升，累积数目已超过242种，水禽或依赖湿地的鸟类占鸟类物种总数的47%。除鸟类外，公园内还录得多种其他生物，尤其是与湿地有密切关系的蜻蜓、两栖类和爬行类动物。区内录得的蜻蜓、两栖类和爬行类动物种类的累积数目分别为52种、9种和28种，这正好显示只要有适当的设计和管理，生态保育、教育和旅游功能是可以并存的。
香港植物标本室及植物存护
本署管理香港植物标本室，其工作范围包括：有系统地采集、鉴定及修护香港植物标本。年内，标本室藏有42,700多份标本，其中290多份为模式标本，在区内具相当重要性。
香港植物标本室联同华南植物园合作编着《香港植物志》，收录所有香港有纪录的植物种类，是首本以英文编写而辅以丰富绘图及彩照的华南地区植物志，具重要的参考价值。《香港植物志》第一至四卷及总索引已相继于二零零七年至二零一二年出版，深受本港、海外学术界和植物业界欢迎。
标本室是植物研究人员的资源中心，藉着馆藏标本和相关考察纪录，及专科图书馆内的植物学文献，为有意探讨本地植物的学者提供有用的参考资料。标本室还提供团体预约参观服务及出版教育刊物，以促进市民对香港植物的认识。此外，载于标本室网站内的「香港植物资料库」，亦提供超过3,300 种本地植物的基本资料及6,000 幅照片。
具特殊科学价值地点
具特殊科学价值地点可位于陆地或水上，其特殊科学价值取决于该处的动植物、地理或地质特点。年内，署方继续派人巡视和监察这些地点的情况及其科学价值，并按需要在某些地点进行适当的生境管理工作，以维持或提高其价值。举例来说，本署曾于鸦洲具特殊科学价值地点进行防治薇甘菊的措施，以改善该处树木的生长，为鹭鸟提供适合筑巢繁殖的地点。本署亦曾于凤园谷具特殊科学价值地点种植蝴蝶的寄主植物，以强化蝴蝶的生境。此外，本署继续检讨各个地点的情况，将一些因环
境改变而失去特殊科学价值的地点从名录中剔除，同时亦会继续物色具有特殊科学价值的新地点。于二零一二年四月，龙鼓滩谷正式被指定为具特殊科学价值地点，以保护该处的蝴蝶生境。龙鼓滩谷有很多不同的蝴蝶品种，是本港最重要的蝴蝶生境之一。在二零一二至一三年度，具特殊科学价值地点的纪录册中共有67个地点。
野生猴子
香港野生猴子数目在过去多年的增长引起公众关注。为了长远控制其增长，本署加快为野生猴子进行避孕试验计划。在二零一二至一三年度，本署替319只猴子避孕。此外，本署亦加强执法，在特定郊野公园禁止喂饲野生猴子，以减低它们对游人的滋扰。年内，共有75人在郊野公园内因违例喂饲野生猴子而被检控。 随着本署实施避孕计划及禁喂措施，本港野猴的数目出现下降趋势，相关的滋扰个案亦有所减少。