自然護理分署的工作
- 從多方面保育本港的動植物及自然生境，包括就發展建議、規劃策略、環境影響評估等工作提供有關自然保育的專業意見；
- 訂定和推行生物多樣性保育計劃，以及鑒定具特殊科學價值的地點等；
- 定期進行生態調查，更新紀錄，並管理香港的生態資料庫；
- 管制基因改造生物的環境釋出及進出口；
- 監察米埔內後海灣國際重要濕地的生態，並發展及管理香港濕地公園；
- 保育瀕危動植物；以及
- 透過宣傳和教育活動，加強市民對自然保育的認識，以及
鼓勵他們參與自然保育活動。
自然環境
香港的地形及亞熱帶氣候，為種類繁多的動植物提供各式各樣的棲息地。本港雖是彈丸之地，但自然景致卻多姿多采，海岸沙灘、嶙峋石岸、高聳山峰、茂密林地與綠茵山巒，互相映襯，構成獨特的風景。
香港有維管植物逾3,300種（其中約2,100種屬本地品種）、陸上哺乳類動物55種、鳥類525種、淡水魚類185種、爬行動物86種、兩棲類動物24種；昆蟲種類亦十分繁多，共錄得約240種蝴蝶及117種蜻蜓。
生物多樣性策略及行動計劃
《生物多樣性公約》（《公約》）是起源於一九九二年可持續發展地球高峰會的一項國際性條約，於二零一一年延伸至香港。《公約》的目的是保護生物多樣性，持久使用其組成部分，以及公平合理地分享由利用遺傳資源而產生的惠益。《公約》亦強調生物多樣性對人類福祉的重要性。
《公約》要求各締約方預備一份《生物多樣性策略及行動計劃》（《計劃》），以確保《公約》的精神能在各層面和界別實踐。雖然香港不是《公約》的締約方，但在顧及本地需要和緩急次序下，政府目前正在制訂一份屬於香港的《計劃》，用以加強保育本地的生物多樣性。
為協助制訂《計劃》，政府委任生物多樣性督導委員會，並在其下設立三個工作小組：陸地生物多樣性工作小組、海洋生物多樣性工作小組和提升意識、建立主流及可持續利用工作小組。此外，工作小組下設的專題小組會就特定議題，由專家、地方代表及政府官員作深入探討和提出建議。這有助列出本港生物多樣性的現況和保育措施，以及確定進一步的工作。
加強自然保育
二零零四年十一月公佈的「新自然保育政策」選取了12個地點，透過公私營合作及管理協議計劃優先加強保育。有關計劃由土地擁有人或非政府組織推行，本署負責監察。
截至二零一四年三月，共有4個管理協議計劃分別在4個須優先加強保育的地點進行。當中兩個計劃自二零零五年起在塱原及鳳園進行，受保育的私人土地合共逾16公頃；另外兩個計劃於二零一三年二月在拉姆薩爾濕地及該濕地以外的後海灣濕地全面進行，分別涵蓋超過330及400公頃魚塘，以持續管理內後海灣魚塘的保育工作。塱原及鳳園的雀鳥及蝴蝶數量和品種，以及魚塘於放塘期間的水鳥數目均有所增加，顯示管理協議計劃有效提高這些地點的保育價值。計劃除對豐富生物多樣性有直接作用外，亦提高了公眾、當地村民和漁民的自然保育意識。
生態調查及資料庫
本署由二零零二年開始進行全港生態調查計劃，以維持及更新全港的生態資料庫。調查計劃覆蓋香港所有具高保育價值的主要生境，包括風水林的位置、狀況及植物種類，以及重點動物群的分布及數量。截至二零一四年三月，本署收集、鑒定及於資料庫內儲存了約200,000個，逾4,000種動植物的紀錄。
生態調查的結果確定香港有豐富的生物多樣性，部份物種是香港甚至全球首次發現。結果更顯示，受保護地區內的物種是香港生物多樣性的重要組成部份。在調查及分析所覆蓋的物種群中，有超過98%的本地常見陸上及淡水物種，均有具代表性的族群在香港受保護地區內棲息。
年內，本署繼續利用載有具代表性物種及生境資訊的網上資料庫「香港生物多樣性網頁」及「香港在線生態地圖」，提高公眾對本地生物多樣性的興趣及自然保育的意識。本署亦研發了一套以地理資訊系統運作的中央資料庫，儲存調查所得的數據及由其他途徑取得的生態資料。
米埔內後海灣拉姆薩爾濕地
一九九五年，米埔及內後海灣約1,500公頃的濕地被正式列為拉姆薩爾濕地。米埔內後海灣拉姆薩爾濕地位處主要候鳥遷徙路線「東亞－澳大利西亞飛行路線」上，是超過150種遷徙及本地水鳥的重要中途補給站及棲息地。
本署由二零零一年開始為拉姆薩爾濕地推行長期的生態監察計劃，以便收集該濕地的基線生態資料，監察範圍包括濕地內的底棲動物群落及生境狀況。
本署由一九九七年開始委託香港觀鳥會在後海灣進行每月水鳥普查。在二零一三年十月至二零一四年三月期間，後海灣錄得的水鳥數目最高約為51,313只，包括9,552只鴨和鸊鷉、17,315只涉禽、9,216只鷗及燕鷗、8,761只鸕鶿、2,728只鷺鳥及199只秧雞。
黑臉琵鷺
黑臉琵鷺是全球瀕危鳥類之一，只分布於東亞地區。在二零一三至一四年冬季期間，全球種群調查共錄得2,726只黑臉琵鷺。在二零一四年一月錄得最多有252只黑臉琵鷺以內後海灣作為冬季棲息地或遷徙中轉站，數量相等於全球總數約9%，亦是全球第四大的越冬種群。
本署由二零零一年開始實施黑臉琵鷺保育計劃，以保持米埔內後海灣拉姆薩爾濕地的良好環境，為黑臉琵鷺提供過冬的地方。計劃包含物種及棲息地的保護和管理、監察、研究、教育、培訓和區域合作等措施。
海龜
綠海龜是唯一經常在香港產卵的海龜品種。本署為海龜采取了一系列的保育措施，包括在綠海龜產卵季節（每年六月至十月）把南丫島深灣列為限制地區，進行執法巡邏及公眾教育等。在二零一三年七月至十月期間，本署拯救了健康情況欠佳的綠海龜兩只及玳瑁一只。它們在香港海洋公園接受治療，康覆後已被放流。本署於放流前為海龜裝上衛星追蹤儀，以加深了解它們遷游到南中國海覓食地的路線。衛星追蹤研究顯示，由本署放流的海龜（包括綠海龜及玳瑁）到達香港東面的大鵬灣、萬山群島、廣東的汕尾、港口及南澳、東沙群島、福建東港、菲律賓北部及西沙群島的覓食地。
管制瀕危物種貿易的措施
香港法例第586章《保護瀕危動植物物種條例》（《條例》）是本港履行《瀕危野生動植物種國際貿易公約》（《公約》）規定的法例，嚴格規管涉及瀕危物種的貿易。
年內，本署繼續嚴厲打擊涉及瀕危物種的非法貿易，檢穫瀕危物種的個案共有671宗，涉及的種類繁多，其中常見的包括活生的龜鱉、蛇、蘭花、象牙、爬行動物的皮制品、幹海馬和穿山甲肉或鱗片。
本署繼續透過瀕危物種資源中心、舉辦展覽、派發單張，以及在機場和口岸管制站展示相關資訊等途徑，致力促進市民、學生和貿易商認識保護瀕危物種，提醒他們遵守法例。
《公約》第十六屆締約國大會二零一三年三月在泰國曼谷舉行，會上透過修訂《公約》附錄所列瀕危物種的清單和多項與實施《公約》相關的決議。修訂包括把某些鯊魚、龜鱉和木材品種列入附錄。在會議舉行前，本署就修訂《公約》附錄的提案向業界發出通函，並為多個相關行業的人士舉行簡介會介紹提案內容。為了履行《公約》的規定，本署正修訂《條例》。
有關瀕危物種貿易管制的統計數字載於附錄12。
管制基因改造生物
香港法例第607章《基因改造生物（管制釋出）條例》（《條例》）是本港履行《〈生物多樣性公約〉的卡塔赫納生物安全議定書》規定的法例。《條例》規管基因改造生物的環境釋出及其出入口。根據《條例》，向環境釋出或輸入擬向環境釋出的基因改造生物，須事先穫得漁農自然護理署署長的批准。此外，載有基因改造生物的貨運批次，在輸入或輸出時須附同訂明文件，以方便辨識基因改造生物，以及提供聯絡點以便取得進一步資料。
本署推行一系列宣傳及教育活動，以促進公眾對《條例》的認識及了解。活動包括向市民派發宣傳小冊子、在機場播放短片、舉辦巡迴展覽及更新基因改造生物紀錄冊。
香港濕地公園
香港濕地公園於二零零六年五月正式開幕，是推廣香港生態旅遊的重要設施，亦是香港濕地保育及公眾教育的重要裏程碑。濕地公園結合了60公頃的濕地保護區，以及總樓面面積逾一萬平方米，包括多個濕地展覽廊的訪客中心。年內，公園錄得約44萬名的入場人次。
本署負責濕地公園的管理工作，包括日常營運、教育及社區服務、展品維修、生境管理及市場推廣等範疇。
在二零一三至一四年度，濕地公園為約170,000名訪客舉辦各類適合一家大小的活動，包括導賞團、講座及研討會、野生動物觀察班、比賽、話劇、藝術工作坊及專題活動等。
濕地公園向幼稚園至高中的學生提供學校導覽活動。在二零一三至一四年度，濕地公園為超過19,200名學生提供逾840次導賞活動。此外，為支援學校的濕地教育工作，公園亦舉辦展覽、講座、教師工作坊及學校夥伴計劃。年內，公園舉辦了16次教師工作坊，讓教師認識如何在公園進行教學活動。
至於一般訪客，公園於年內舉辦了12次公眾講座，吸引超過1,100名訪客參加。公園亦舉辦多項配合公眾假期及主要節日的主題活動，包括觀鳥節、濕地蝶影、馬蹄蟹雙周及世界濕地日慶祝活動。
濕地公園繼續與各界合作，將濕地保育的資訊推廣至社區。香港濕地公園義工計劃在二零一三至一四年度招募了約1,240名義工。義工除協助訪客中心的運作及提供導賞服務外，亦參與戶外生境的管理工作。公園與企業及非政府組織建立合作關係，集合社會各界的力量和資源，推廣濕地保育。
香港濕地公園在推動亞太地區濕地保育和教育方面擔當重要角色。作為亞洲國際濕地網路的重要成員，香港濕地公園與亞太地區的濕地中心分享濕地教育工作的經驗與心得。
本署自二零零三年開始管理濕地保護區，目的是提升其生態功能。自此，濕地保護區內的濕地生境為黑臉琵鷺及眾多其他水鳥提供棲息地。本署在區內錄得的雀鳥種類的累積數目已達247種，水禽或依賴濕地的鳥類約佔鳥類物種總數的45%。除鳥類外，公園內還錄得多種其他生物，尤其是與濕地有密切關係的蜻蜓、兩棲類和爬行類動物。區內錄得的蜻蜓、兩棲類和爬行類動物種類的累積數目分別為52種、10種和29種，這顯示只要有適當的設計和管理，生態保育、教育和旅遊功能是可以並存的。
香港植物標本室及植物存護
本署管理香港植物標本室，其工作範圍包括：有系統地採集、鑒定及修護香港植物標本。年內，標本室藏有43,200多份標本，其中290多份為模式標本，在區內具相當重要性。
香港植物標本室聯同華南植物園合作編著《香港植物志》和《香港植物檢索手冊》。《香港植物志》收錄所有香港有紀錄的植物種類，是首本以英文編寫而輔以豐富繪圖及彩照的華南地區植物志，具重要的參考價值，第一至四卷及總索引已相繼於二零零七年至二零一二年出版。二零一三年出版的《香港植物檢索手冊》以《香港植物志》為藍本，根據穩定、可靠與顯著的植物形態及特徵，編纂成二歧式檢索表，供從事相關工作的人士和植物愛好者參考。手冊附有2,000多張植物彩照及術語圖解，幫助讀者使用檢索表。
標本室是植物研究人員的資源中心，藉著館藏標本和相關考察紀錄，及專科圖書館內的植物學文獻，為有意探討本地植物的學者提供有用的參考資料。標本室還提供團體預約參觀服務及出版教育刊物，以促進市民對香港植物的認識。此外，載於重新編寫的標本室網站內的「香港植物資料庫」，亦提供超過3,300 種本地植物的基本資料及6,000 幅照片。
具特殊科學價值地點
具特殊科學價值地點可位於陸地或水上，其特殊科學價值取決於該處的動植物、地理或地質特點。年內，本署繼續派人巡視和監察這些地點的情況及其科學價值，並按需要在某些地點進行適當的生境管理工作，以維持或提高其價值。舉例來說，本署曾於鴉洲及米埔村具特殊科學價值地點進行防治薇甘菊的措施，以改善該處樹木的生長，為鷺鳥提供適合築巢繁殖的地點。本署亦曾於鳳園谷具特殊科學價值地點種植蝴蝶的寄主植物，以強化蝴蝶的生境。此外，本署繼續檢討各個地點的情況，將一些因環境改變而失去特殊科學價值的地點從名錄中剔除，同時亦會繼續物色具有特殊科學價值的新地點。在二零一三至一四年度，具特殊科學價值地點的紀錄冊中共有67個地點。
野生猴子
香港野生猴子數目在過去多年的增長引起公眾關注。為了長遠控制其增長，本署加快為野生猴子進行避孕試驗計劃。在二零一三至一四年度，本署替164只猴子避孕。此外，本署亦加強執法，在特定郊野公園禁止喂飼野生猴子，以減低它們對游人的滋擾。年內，共有152人在郊野公園內因違例喂飼野生猴子而被檢控。 隨著本署實施避孕計劃及禁喂措施，本港野猴的數目出現下降趨勢，相關的滋擾個案亦有所減少。