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透過多方面工作以保育本港的動植物及自然生境，包括就發展建議、規劃策略、環境影響評估等工作，提供有關自然保育方面的意見；執行法例；進行研究及推行生物多樣性保育計劃；和認定具特殊科學價值的地點等；
定期進行生態調查，以記錄及更新香港生物多樣性資源的狀況，並建立香港的生態資料庫；
監察米埔內后海灣國際重要濕地的生態，並發展及管理香港濕地公園；
監管瀕危動植物的國際貿易，以保育這些物種；以及
透過宣傳和教育活動，加強市民對自然保育的認識，以及鼓勵他們參與自然保育活動。

自然環境

香港的地形及亞熱帶氣候，為種類繁多的動植物提供各式各樣的棲息地。本港雖是彈丸之地，但自然景致卻多姿多采，沿海的沙灘、嶙峋的石岸、達千米高的山峰、茂密的林地與綠草如茵的山巒，互相映襯，構成獨特的風景。

香港有維管束植物逾3,100種（其中約2,100種為本地品種）、哺乳類動物約50種、鳥類約450種、淡水魚類160種、爬蟲類動物約80種、兩棲類動物逾20種。昆蟲的品種亦十分繁多，計有超過230種蝴蝶及110種蜻蜓。

米埔內后海灣國際重要濕地

生態監測
本署由二零零一年八月起，推行米埔內后海灣拉姆薩爾濕地的生態監測計劃。計劃的目的是收集這濕地的基線生態資料。監察範圍包括濕地內的底棲動物群落、冬季候鳥的數目及生境範圍。

本署委託香港大學的環境毒理研究室承辦監測計劃，專門分析這些生態參數的變化及互動關係，同時，也會以環境數據包括水質、沉積物質素及泥灘的沉積速率作為參考。監測計劃所收集得的數據也記錄了拉姆薩爾濕地生態狀況。

水鳥監測
本署與香港觀鳥會合作每月在米埔內后海灣國際重要濕地進行點算水鳥種群的數目，作為米埔內后海灣國際重要濕地的生態監測計劃的一部份資料。

在二零零三年十月至二零零四年三月期間，在這國際重要濕地棲息的水鳥數目約有51,400,隻，包括4,000隻鷺鳥、16,200隻野鴨、8,700隻海鷗及燕鷗、12,700隻涉禽、360隻秧雞及9,000隻鸕。

在二零零四年十月至二零零五年三月期間，在這國際重要濕地棲息的水鳥數目有輕微上升，約有61,100隻，包括6,500隻鷺鳥、22,500隻野鴨、9,300隻海鷗及燕鷗、9,800隻涉禽、380隻秧雞及9,500隻鸕。

在過去八年，冬季在此濕地棲息的水鳥種群數目，均維持在50,000至60,000隻的水平。

黑臉琵鷺

全球調查
黑臉琵鷺是一種瀕危雀鳥，只在東亞地區生活。在冬季遷徙期間，全球約22%的黑臉琵鷺以米埔內后海灣國際重要濕地作為棲息地或中轉站。

故此，本署於二零零一年起實施黑臉琵鷺保育計劃，以保持此國際重要濕地的良好條件為目標，為黑臉琵鷺提供度冬的地方。該計劃的其他措施，包括保護棲息地、物種及棲息地管理、監測和研究、教育與訓練、區域合作等工作。

在東亞地區，漁護署與香港觀鳥會統籌全球黑臉琵鷺同步調查。根據二零零三至二零零四年及二零零四年至二零零五年度冬季的調查結果，在區內記錄的黑臉琵鷺數目分別有1,206隻及1,475隻；而在二零零三年十二月，本港錄得度冬的黑臉琵鷺高達262隻；而在二零零四年十一月，本港更錄得歷史新高的324隻黑臉琵鷺於本港度冬。冬季在米埔內后海灣國際重要濕地的黑臉琵鷺隻數之多，是東亞地區的第二位。

綠海龜

綠海龜是唯一經常在香港產卵的海龜，而南丫島的深灣是牠們在本地唯一的產卵地。本署推行一套綠海龜保育計劃以保護這種瀕危的生物。這計劃包括將深灣沙灘在每年六月至十月綠海龜產卵季節劃為限制地區、清理沙灘上阻礙綠海龜上岸的攀緣植物和海洋垃圾、安排自然護理員定期巡邏，以及教育公眾有關保育海龜的知識。

在2003年，有3頭綠海龜登陸深灣，並在五月末至九月初產下9窩卵。所有龜卵都留在深灣作自然孵化。在2004年，並沒有綠海龜到深灣產卵。

憑著2002年成功利用衛星追蹤技術所取得的經驗，本署再次在2003年6月下旬為其中一頭在深灣產卵的綠海龜身上裝上衛星追蹤器，以找出牠的遷徙路線和覓食地。這頭綠海龜在9月上旬產下第7窩卵，也創下單一綠海龜在同一季節內在深灣產下最多卵窩的記錄。及後，牠沿著南中國海沿岸向西南方遊划。經過900多公里的遷移後，在2003年9月下旬到達越南水域內，位於海岸保護區內的白龍尾島。

野生猴子

本署在二零零二年初首次對金山郊野公園的野生猴子進行野外避孕試驗計劃，替捕獲的20隻雌性和17隻雄性猴子注射避孕藥苗或絕育，然後放回所屬猴群觀察。初步的試驗結果顯示已避孕的雌猴沒有在繁殖季節懷孕，而所有已避孕或絕育的猴子均沒有發現不正常行為。

在2003年，本署擴大野生猴子野外避孕的試驗計劃至三個目標猴群，總數約共330隻猴子，目的是為猴群內有生育能力的雌猴避孕，評估成效後再擬定可行的野生猴子避孕計劃。試驗計劃在2004年及2005年仍繼續進行。由於誘捕猴子費時，而牠們亦很快學會避開陷阱，試驗計劃的進度受到一定影響。

沙田民居因鄰近野生猴子的聚居地而遭受滋擾，本署接獲報告會派員巡查，捕捉誤闖民居的猴子。為減少野生猴子到屋民居覓食，本署建議沙田區有關的屋管理公司留意將食物或廢物收好，呼籲居民不要餵飼猴子，使牠們無法取得食物，又提供一些有效驅趕猴子離開屋民居回到林區的技巧方法和應用工具。

管制瀕危物種貿易的措施

《保護瀕危動植物物種條例草案》的草擬工作已完成，該條例草案將會取代《動植物（瀕危物種保護）條例》，目的是簡化管制程序及加強執法，同時方便合法營商，而第十三屆《瀕危野生動植物種國際貿易公約》締約國大會通過的修訂亦會包括在內。條例草案定於二零零五年四月提交立法會。

本署繼續致力打擊非法貿易，兩年內扣押瀕危物種的個案超過1,000宗，其中包括二零零三年十月一批來自坦桑尼亞的1,932公斤的象牙和象牙切件，二零零四年六月一批來自馬來西亞的3,580隻淡水龜，與及二零零四年九月至二零零五年三月期間來自馬來西亞及印尼的四批共3,365隻冷藏的穿山甲屍體及3,301公斤穿山甲鱗片。

香港濕地公園

在二零零三至零五年度，共有225,000名訪客參觀香港濕地公園第一期展覽館。來自567間學校和社區團體約19,000名訪客，更獲安排參加由專人帶領的導賞團，另有約1,000人參加「拉姆薩爾行」和「齊來保育濕地」導覽活動，行程包括尖鼻咀及南生圍濕地。在二零零四至零五年度，本署和西鐵、元朗民政事務處及元朗區議會合辦「西鐵旅遊大發現」和「元朗濕地生態文化遊」導覽活動，有超過33,000市民參加。

濕地公園第二期工程現正進行，工程項目包括面積約10,000平方米的訪客中心和約60公頃的露天公園。戶外生境已部份完成，自二零零三年初起，本署己在公園內展開生態調查，悉心管理新建造的生態環境，提升其功能和價值。整項工程預計在二零零六年初完成，屆時濕地公園將會集保育、教育及生態旅遊於一身，成為本港一個新景點。

香港濕地公園義工計劃在二零零二年推出至今，已有超過1,000名義工參與不同的服務，例如擔任導覽領隊、從事公眾教育活動和戶外自然護理工作等。

大棠苗圃溫室

新落成位於大棠苗圃的溫室已於2003年下旬投入運作，該溫室備有自動灑水及溫度與濕度調控系統，為香港首個為存護本地稀有及瀕危植物而設的同類設施。該溫室也設有多部全自動的植物栽培箱，以使在調控環境下進行繁殖試驗。大棠苗圃的溫室現存護了約80種本地的珍稀植物，希望作為本地植物遷地保育的基地，亦為它們回歸大自然生長作前期準備。

此外，一些在國際貿易上管制而於部門執法時充公的蘭花及其他瀕危植物，也存放於溫室內妥為護養。從前因設施未及所需，以致不少充公的植物枯萎。新溫室為這些具保育價值珍稀植物提供合適的生長環境。

《香港植物誌》計劃

本署於2004年展開《香港植物誌》編撰計劃。植物誌是對某一地區內所有植物的有系統描述。從前曾有兩本關於香港的植物誌，分別於1861年及1912年出版，但過去近百年卻未有全面而詳細描述香港植物的同類著作面世。這計劃由香港植物標本室聯同中國科學院華南植物園及香港多所大學的植物分類學者共同編寫，其中更包括著名植物分類學家胡秀英教授。《香港植物誌》主要根據香港植物標本室的館藏標本編寫。

新編的《香港植物誌》將對所有植物品種作系統描述，附有檢索表、仔細的繪圖及彩圖，幫助用者了解各種植物，也記述生境、分布及用途等資料。本誌將為植物研究人員、學者、環評從業員、教師及學生在鑑別植物時提供重要的參考資料，也可作為植林、園藝及園境等工作人員選擇種類之用。本誌共分4卷，預計第一卷於2006年上旬出版。

清除薇甘菊

薇甘菊是外來的攀援植物，在空曠和受干擾地方如路旁及荒廢的土地較為常見。薇甘菊生長迅速，長期被其厚密的葉和莖所覆蓋的植物，會因無法接收足夠陽光而影響生長。而在郊野茂密的樹林內，由於樹木高大及林內光照較弱，不利薇甘菊生長，因此薇甘菊對樹林沒有構成不良影響。

為防薇甘菊在具有保育價值的地點蔓延，本署繼續調配人手及資源清除在郊野公園、特別地區及具特殊科學價值地點生長的薇甘菊，而與廣東省林業局合作就如何控制薇甘菊而進行的研究亦已完成，研究結果發現除草劑「森草淨」既能有效清除薇甘菊，又不會傷害其他本地原生植物。本署已再行實地試驗該種除草劑，至今成效令人滿意。雖然目前並無措施能根除薇甘菊，但本署會繼續研究有效方法，遏止薇甘菊蔓延。